妊娠期女性的各种生理变化使她们容易发生一些内科和外科疾病，如妊娠心脏病、糖尿病、肝内胆汁淤积症、甲状腺功能亢进、骨质疏松等。癫痫女性发生妊娠期并发症的风险远远高于正常生育期女性，主要是阴道流血、贫血、妊娠剧吐、先兆子痫、胎盘早剥、死胎、低体重儿、新生儿出血、骨质疏松等并发症的发生率高于正常妊娠女性。新生儿AEDs戒断综合征也是癫痫孕妇中较常见的并发症。近年来还有一些癫痫女性后代远期智力的调查研究，显示癫痫女性无论是否服用AEDs，其后代发生低IQ的几率都大于正常母亲的后代。
芬兰一次人口普查研究结果表明，患癫痫的孕妇其胎儿出生率比正常孕妇略低，约为正常孕妇的88%。同正常妇女相比，没有明显证据证明癫痫妇女发生产科并发症的风险增加，只是某些研究表明，癫痫孕妇剖宫产的几率加大，该几率与产科并发症本身并无关联，因为在产科医师接收癫痫孕妇时出于安全考虑或者遵循产妇意愿会行剖宫产。
AEDs戒断综合征常常发生在那些妊娠最后三个月服用巴比妥酸盐类及苯二氮 类药物的癫痫母亲后代中，这些新生儿表现为喂养困难、易激惹、嗜睡、多动症、震颤、肌张力降低、体重增加缓慢、呼吸急促等。服用酶诱导型AEDs(如卡马西平、苯巴比妥、苯妥英钠等)的癫痫孕妇所生婴儿易出现新生儿维生素K缺乏，因此，建议癫痫女性在妊娠最后一个月使用维生素K，并同时给新出生婴儿立即肌注维生素K以避免新生儿出血及凝血因子水平降低。
妊娠期间，母体血容量增加，钙的分布容量可增加1倍，胎儿需要的钙、磷和其他矿物质完全由母体供给，如果母体饮食中钙含量不足，必须动用母体骨钙来维持血钙水平，由于往往癫痫女性妊娠期运动量较正常孕妇少，再加上部分AEDs对骨代谢的影响，促进了骨质疏松的发生，因此，癫痫女性妊娠期应当常规补钙，对服用丙戊酸钠等导致骨质疏松风险高AEDs的患者更应该适当的增加安全范围打的钙剂。
癫痫患者在妊娠初期发生甲状腺激素水平降低的危险也较大。由于妊娠初期胎儿甲状腺尚未发育，需要依赖于母体经胎盘转移来的甲状腺素，同时一些AEDs，如苯妥英钠、卡马西平、苯巴比妥等都可降低甲状腺激素水平，两种因素的共同作用下使服用这些AEDs的孕妇较普通妊娠期女性更易发生甲状腺功能减退。因此，对有可能发生甲状腺功能不全的癫痫女性，应当从妊娠前到妊娠期让甲状腺激素水平维持在正常范围，以避免因为甲状腺功能不全而致后代智力低下。如果进行了甲状腺激素替代治疗的患者在产后应根据激素水平将甲状腺素减至原来用量或撤退。
但是，上述大部分并发症在癫痫女性中更多见的原因还不清楚，是AEDs的影响，还是癫痫发作的影响，或者是癫痫女性妊娠期间承受的心理压力增加了妊娠并发症发生的风险，因此，进行大样本量的癫痫妇女妊娠期登记研究是很有必要的。
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