由于核磁共振（MRI）检查价格比较高，故对癫痫患者的检查资料还不很多，但从世界不同中心研究结果来看，核磁共振（MRI）检查对癫痫患者脑的异常检出率高于CT扫描所见。由于MRI能比较清晰地显示脑的白质与灰质，因此它能使脱髓鞘和其他的白质疾患在MRI检查中被发现。后颅凹疾患在CT扫描中较易漏掉，而核磁共振（MRI）扫描则很容易发现。CT扫描不能作矢状断面检查，而MRI则能作不同角度的检查。此外，由于核磁共振（MRI）扫描中不用X线、同位素，也无其他离子，因而是无害的，可反复使用于各种年龄的患者．甚至胎儿。总之，核磁共振（MRI）检查优于CT扫描，对发现癫痫灶有重要意义，但并不能取代CT扫描。
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