北京癫痫病研究治疗中心专家表示，近年来国内外都在对手术治疗开展和不断探索，比如通过开颅手术切除癫痫灶或阻断传导通路的方法。这种方法近年来得到了较快的发展，手术例数在逐年上升，手术方式也在不断推出，有效率、治愈率也有逐年提高的趋势。不过这并不意味着癫痫的手术就是安全无风险的，即使是最有经验的资深医师，一些手术并发症与副作用仍不可避免。
北京癫痫病研究治疗中心专家总结危险性总结为如下几点：
1.麻醉的危险性： 对麻醉药物过敏、休克、急性心肌梗塞或心率不整、心脏衰竭、肺水肿、急性脑中风等。
2.手术的危险性： 术中术后出血：可能会并发硬膜外、硬膜下及脑出血。另外即使术中止血非常仔细彻底，原致癫痫区切除处仍可能并发术后出血。术后的出血有时必须再做紧急开颅手术取出血块。 脑肿：脑组织由於术中长时间牵引或局部血流受到影响，有时术中或术后会有脑肿现象，这种情况在以肿瘤为致癫痫原因的病患尤为明显。若是有脑肿现象，会给予降脑压药物控制，严重时甚至须行紧急减压手术。然而一般如颞叶切除术，术前即会投予预防脑肿药物，术后因脑部切除后遗留空间很大，不须给予降脑压药物。
感染：任何手术只要造成伤口，就会有伤口感染之可能。糖尿病、肥胖及合并其他内科疾病之病人较易发生。其他如头皮下血肿、伤口癒合不良或崩裂、渗液等等也会造成感染或瘘管发生。除了伤口感染，任何开颅手术也都有并发呼吸道感染及泌尿道感染之可能。
另外较为严重的感染是并发脑炎或脑膜炎，此时须投予适当的抗生素长期控制。而若并发颅内脓疡產生，则必须行再次开颅手术做清除。神经功能障碍：如前所述，有些癫痫手术若造成某些重要供应血管痉 挛或收缩，会导致术后病患有偏瘫现象，一般是暂时性，只要术后发现立即给予抗血管收缩药物并配合复健，大部份病患都可以回复原来肢体功能。其他神经功能障碍还包括语言障碍，左右不协调，记忆力衰退等。
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